Per i prelievi microbiologici valgono gli stessi orari indicati per i prelievi ematici.

I prelievi possono essere effettuati al di fuori dei normali orari previsti, quando ciò si renda necessario per necessità contingenti o in situazioni di urgenza. Non è di norma richiesta la prenotazione, a meno che, per particolari esigenze degli utenti, si renda necessario effettuare il prelievo al di fuori degli orari di apertura del laboratorio.

Per non inficiare l'esecuzione delle analisi, si consiglia di non effettuare lavaggi o disinfezioni della parte interessata prima del prelievo.  É inoltre opportuno effettuare il prelievo prima di iniziare la somministrazione di antibiotici; il personale del laboratorio va informato di trattamenti locali o generali (terapia antibiotica o disinfettante) effettuati nei giorni precedenti al prelievo.